תכניות שורשי ישראל פועלת כיום ב- 36 בתי ספר של אורט ברחבי הארץ.
מטרת הפרויקט ליצור זיקה של בני הנוער למורשת ותרבות ישראל ולהעמיק את הזהות היהודית והידע "בארון הספרים היהודי", באוריינטציה פלורליסטית.
הפעלת הפרויקט נעשית ע"י צוות מוביל בכל בית ספר הכולל מורים, הורים ותלמידים שלומדים "בחברותא". חברי הצוות מפתחים בשיתוף פעולה תכניות לימודים ייחודיות ורב תחומיות המתאימות לצורכי הקהילה שבה הם פועלים. לאחר שפותחה תוכנית הלימודים, היא מוטמעת בבית הספר על ידי הצוות המוביל, ומיושמת במסגרת מערכת השעות הבית ספרית.
בינה מקיימת בתחילת שנת הלימודים סמינרי פתיחה בני יומיים לכל בתי הספר בפרוייקט, חדשים וותיקים.
במהלך השנה מלווה בינה חלק מבתי הספר בפרוייקט. איש צוות מבינה מלווה באופן צמוד את הצוות המוביל בבית הספר במפגשים לאורך השנה, וכן כל הצוותים המובילים מבתי הספר מגיעים ליום עיון באפעל, לפי הנושא הספציפי שקשור בתוכנית הלימודים אותה מפתח הצוות המוביל.
לאתר שורשי ישראל